주문진 해양박물관은 새로 지어진 주차타워 2층에 자리 잡고 있다. 주차타워 2층에 주차하면 어렵지 않게 입구를 찾을 수 있다. 입구부터 양옆으로 바닷속에 사는 생물들의 박제 인형이 전시되어 있다.

생각보다 큰 규모의 전시장에 많은 갑각류와 암석들이 전시되어 있다. 조금 더 안쪽으로 들어가면 신기한 전시품들이 보인다. 색색의 예쁜 조개껍데기가 일렬로 전시되어 있고 희귀한 산호, 암석 등이 가지런하게 정리되어 있다.

한쪽 벽면에 물고기들이 가득하고 우리가 쉽게 볼 수 있는 물고기들이 있다. 또 다른 벽엔 작은 조개껍데기들이 투명한 유리 그릇 안에 들어가 새로운 느낌을 준다.